MD5 y SHA son algoritmos de encriptación muy comúnmente usados, en la actualidad se ha demostrado su vulnerabilidad, sin embargo aun siguen siendo utilizados para almacenar contraseñas y mantener cierto nivel de seguridad en las aplicaciones (y no guardar la clave como texto plano en un archivo o base de datos ), para más información puedes leer los artículos de Wikipedia sobre MD5 y SHA

Ejemplo de implementación en Java mediante la clase MessageDigest

import java.security.MessageDigest;
import java.security.NoSuchAlgorithmException;

/**
 *
 * @author Herman Alonso Barrates Víquez
 */
public class StringMD {

    //algoritmos
    public static String MD2 = "MD2";
    public static String MD5 = "MD5";
    public static String SHA1 = "SHA-1";
    public static String SHA256 = "SHA-256";
    public static String SHA384 = "SHA-384";
    public static String SHA512 = "SHA-512";

    /***
     * Convierte un arreglo de bytes a String usando valores hexadecimales
     * @param digest arreglo de bytes a convertir
     * @return String creado a partir de <code>digest</code>
     */
    private static String toHexadecimal(byte[] digest){
        String hash = "";
        for(byte aux : digest) {
            int b = aux & 0xff;
            if (Integer.toHexString(b).length() == 1) hash += "0";
            hash += Integer.toHexString(b);
        }
        return hash;
    }

    /***
     * Encripta un mensaje de texto mediante algoritmo de resumen de mensaje.
     * @param message texto a encriptar
     * @param algorithm algoritmo de encriptacion, puede ser: MD2, MD5, SHA-1, SHA-256, SHA-384, SHA-512
     * @return mensaje encriptado
     */
    public static String getStringMessageDigest(String message, String algorithm){
        byte[] digest = null;
        byte[] buffer = message.getBytes();
        try {
            MessageDigest messageDigest = MessageDigest.getInstance(algorithm);
            messageDigest.reset();
            messageDigest.update(buffer);
            digest = messageDigest.digest();
        } catch (NoSuchAlgorithmException ex) {
            System.out.println("Error creando Digest");
        }
        return toHexadecimal(digest);
    }
}

Para usar:

public static void main(String[] args) {
        String mensaje = "Mensaje secreto";
        System.out.println("Mensaje = " + mensaje);
        System.out.println("MD2 = " + StringMD.getStringMessageDigest(mensaje, StringMD.MD2));
        System.out.println("MD5 = " + StringMD.getStringMessageDigest(mensaje, StringMD.MD5));
        System.out.println("SHA-1 = " + StringMD.getStringMessageDigest(mensaje, StringMD.SHA1));
        System.out.println("SHA-256 = " + StringMD.getStringMessageDigest(mensaje, StringMD.SHA256));
        System.out.println("SHA-384 = " + StringMD.getStringMessageDigest(mensaje, StringMD.SHA384));
        System.out.println("SHA-512 = " + StringMD.getStringMessageDigest(mensaje, StringMD.SHA512));
    }

Obtendrás como resultado:
Mensaje = Mensaje secreto
MD2 = 554979825cd15157599d93ba762e1950
MD5 = baac73e0d9e99bad6ea493b865aa42c3
SHA-1 = c8d319697747df1cbf48430affb45bff182e2bb8
SHA-256 = e2af6f7c7e00f98a80064626c9049c4fb0826c9d73d50db9b986af8cd5a2c5bc
SHA-384 = 1313c905fd957f8d979812203657b05949cbea7452a1aeb2e8159affb67805ecd6bb515d51ed34f12a62377d7ac35f7f
SHA-512 = d28a8ce7f3a0c2ccb639a6e3b29413f7b0b7b56afdc66824491f7049d27301b9722e3e2c5ae0005ef4be26f9ba4fadce3e48eabb790a8575e252b53b03cff998

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